Die Betreibergesellschaft eröffnete 1995 eine Erweiterung des Terminals. Im Frühjahr 1996 beschlossen die Bundesrepublik Deutschland sowie die Länder Berlin und Brandenburg den Ausbau des Flughafens zum Großflughafen Berlin Brandenburg.
Ab 1996 plante die Flughafengesellschaft mit den Bundesländern Berlin und Brandenburg sowie der Bundesregierung, den Flughafen Schönefeld zu einem leistungsfähigeren „Single Airport“ – also dann Berlins einzigem Flughafen – auszubauen.
Mit Datum vom 13. August 2004 hat das Ministerium für Stadtentwicklung, Wohnen und Verkehr des Landes Brandenburg (jetzt Ministerium für Infrastruktur und Landesplanung) als Planfeststellungsbehörde den Plan für den Ausbau des Flughafens Berlin-Schönefeld festgestellt. Die Behörde hat allerdings dem Antrag nicht in der beantragten Fassung stattgegeben, sondern ihn mit einer Vielzahl von Auflagen und Einschränkungen versehen, die insbesondere die Lärmbelastung der Bürger minimieren sowie den Schutz von Natur und Umwelt sicherstellen sollen. In dem Planfeststellungsbeschluss ist zudem über alle rechtzeitig vorgetragenen Einwendungen, Forderungen, Anträge und Anregungen entschieden worden. Er ist somit zugleich auch eine Antwort auf die entsprechenden Eingaben, die nicht individuell beantwortet wurden.
Schönefeld soll damit zum wichtigsten Passagier- und Luftfracht-Flughafen der Hauptstadtregion und Deutschlands (neben Frankfurt/Main und München) werden. Der Flughafen Tegel soll spätestens sechs Monate nach Inbetriebnahme des neuen Flughafens geschlossen werden. Der Flughafen Tempelhof wurde Ende Oktober 2008 geschlossen. 2006 begannen die Bundesländer Brandenburg und Berlin sowie die Bundesregierung mit dem Ausbau.